A poca distanza dal Palazzo Comunale e da Corso II Giugno, una vera e autentica scoperta, forse perché inattesa, è la Chiesa della Croce. A una sobria facciata tardo-rinascimentale, si contrappone un interno ricco e sfarzoso, in puro stile barocco, impreziosito dalla “Sepoltura di Cristo” di Federico Barocci.
Progettata dall'architetto ducale Muzio Oddi, la Chiesa fu consacrata nel 1608 per conto della Confraternita del Sacramento e della Croce attiva nell'assistere i più bisognosi. L'idea originaria era infatti quella di farne un oratorio per i confratelli, e la sua struttura ricorda più una sala che una chiesa.
Mirabili le decorazioni presenti, tra stucchi, ori, sei altari laterali e l’inusuale soffitto a cassettoni, un capolavoro di sfumature tra l’oro e il bronzo. Questa piccola e preziosa chiesa conserva all'interno numerose opere d'arte tra cui un autentico gioiello: la Pala d'Altare dipinta da Federico Barocci nel 1592 rappresentante La Sepoltura di Cristo. Il quadro raffigura Cristo portato al sepolcro da Giuseppe d'Arimatea e Nicodemo, quasi una prosecuzione ideale della “Deposizione”, dipinta in precedenza per il Duomo di Perugia. Sullo sfondo il Monte Calvario e il Palazzo Ducale di Urbino.
Tra gli altari laterali, spicca quello dedicato a Santa Barbara, con due fusti di cannone a incorniciare il dipinto della santa, patrona, tra l’altro, dei bombardieri che avevano una scuola di addestramento presso la Rocca Roveresca.